Κόσμος (121 άρθρα)

What we developed was a way for a computer to take the structure of a protein and eventually understand how exactly it does what it does. You can use it to design drugs, or in my case, to satisfy your curiosity.

Αυτό είπε σήμερα στον κόσμο ο Άρι Γουόρσολ, ο ένας από τους τρεις νικητές του φετινού Νόμπελ Χημείας, λίγο μετά την ανακοίνωση της βράβευσης. Συνοψίζει πολύ ωραία ό,τι έκαναν και υπογραμμίζει την σημασία της περιέργειας, ως το βασικό κίνητρο των μεγάλων επιστημόνων. Οπότε αποτελεί και ιδανική εισαγωγή για αυτό εδώ το ποστ, που μιλάει και λίγο ευρύτερα για την επιστήμη, προτού επιχειρήσει μια αναλυτικότερη-μα-όχι-πολύπλοκη περιγραφή του επιτεύγματος των Γουόρσολ, Κάρπλας και Λέβιτ.

Ξεκινάω με μικρή αναφορά στα μοντέλα. ΔΙΑΒΑΣΕ ΠΑΡΑΚΑΤΩ >

Και έτσι, μετά την χθεσινή ανακοίνωση του Νόμπελ Ιατρικής, ανακοινώθηκε το μεσημέρι (με μια απρόβλεπτη καθυστέρηση μιάμισης ώρας περίπου) ότι το φετινό Νόμπελ Φυσικής απονέμεται στον Βρετανό Πίτερ Χιγκς και στον Βέλγο Φρανσουά Ανγκλέρ, δύο φυσικούς που εργαζόμενοι ανεξάρτητα περιέγραψαν θεωρητικά το μποζόνιο Χιγκς από το 1964. ΔΙΑΒΑΣΕ ΠΑΡΑΚΑΤΩ >

Συνοψισμένο σε μια πρόταση, αυτό που έφερε το Νόμπελ στους τρεις φετινούς νικητές είναι το εξής:

Ξέραμε ότι τα κύτταρά μας μεταφέρουν ουσίες -από ινσουλίνη μέχρι νευροδιαβιβαστές μέχρι οτιδήποτε- από το ένα μέρος στο άλλο πακετάροντάς τες σε κυστίδια, σε σφαιρικές μεμβράνες, αλλά δεν ξέραμε πώς αυτές οι μεμβράνες πηγαίνουν στο σωστό σημείο ή πώς ξέρουν πότε να αδειάσουν το περιεχόμενό τους.

Αυτή τη διαδικασία μας αποκάλυψαν κομμάτι-κομμάτι οι τρεις τιμώμενοι ερευνητές, εργαζόμενοι ανεξάρτητα μεταξύ τους και σε βάθος 30 ετών. Αν θες να πάρεις μια ιδέα, πώς θα μας φαίνονταν αυτοί και παρόμοιοι κυτταρικοί μηχανισμοί αν μπορούσαμε να τους δούμε, ορίστε τα καλύτερα βίντεο για αυτή τη δουλειά. ΔΙΑΒΑΣΕ ΠΑΡΑΚΑΤΩ >

Την Δευτέρα, στις 12:00 το μεσημέρι ώρα Ελλάδας ξεκίνησε το livestream από Στοκχόλμη, και στην καθιερωμένη "συνέντευξη τύπου" ανακοινώθηκαν οι τρεις νικητές του Νόμπελ Ιατρικής και Φυσιολογίας για το 2013. Την Τρίτη είχαμε το Νόμπελ Φυσικής, και την Τετάρτη το Νόμπελ Χημείας.

Εδώ μπορείς να διαβάσεις συνοπτικά τι έγινε κάθε μέρα, ενώ στα βίντεο είναι ολόκληρες οι συνεντεύξεις τύπου:

Το Νόμπελ Ιατρικής και Φυσιολογίας το κέρδισαν από κοινού ο Τζέιμς Ρόθμαν, ο Ράντι Σέκμαν και ο Τόμας Ζίντχοφ, για ανακαλύψεις που έκαναν ανεξάρτητα από τα '70s μέχρι και τα '90s πάνω στη φυσιολογία των κυττάρων. Συνδυαστικά, τα επιτεύγματά τους αποκάλυψαν τον τρόπο λειτουργίας ενός πολύ σημαντικού μηχανισμού μεταφοράς ουσιών στα κύτταρα. Πιο αναλυτικά, εδώ.

Το Νόμπελ Φυσικής δόθηκε στον Πίτερ Χιγκς και τον Φρανσουά Ανγκλέρ, για την θεωρητική πρόβλεψη του μποζονίου Χιγκς, το 1964. Είναι πολύ κρίμα που δεν βραβεύτηκε και το CERN, για την πειραματική τεκμηρίωση της ύπαρξης του μποζονίου, που ήρθε πέρυσι. Τέλος πάντων, εδώ τι είναι το μποζόνιο Χιγκς, και λίγες σκέψεις ακόμα για την απονομή.

Το Νόμπελ Χημείας πήγε πάλι σε τρεις, στους Μάικλ Λέβιτ, Μάρτιν Κάρπλας και Άρι Γουόρσολ. Των οποίων η συνεισφορά συνίσταται στη δημιουργία πολύπλοκων μοντέλων των μορίων σε PC, που επέτρεψαν πολύ ρεαλιστικές προβλέψεις των χημικών αντιδράσεων. Για να το πετύχουν έπρεπε να συνδυάσουν πράγματα και από την κλασική φυσική, και από την κβαντομηχανική, ενώ η δουλειά τους βρίσκει πολλές εφαρμογές -όσες και η χημεία. Περισσότερα εδώ.

Ακόμα δες:

Αν μία χώρα έχει πολλούς νομπελίστες, αρέσει στους κατοίκους της η σοκολάτα
Ο (νομπελίστας) Λουί ντε Μπρολί, η ύλη και τα κύματα
Ο (νομπελίστας) Ρίτσαρντ Φάινμαν γράφει για την Ελλάδα
Τι αξίζει να ξέρεις για τον (νομπελίστα) Αϊνστάιν
Πώς ο Ντόναλντ Γκλέιζερ ξεκίνησε πειράματα με μπίρα, και κατέληξε με Νόμπελ

Στη σύγχρονη επιστήμη υπάρχει ένα πρόβλημα. Η γνώση που συσσωρεύουν οι επιστήμονες σε όλα τα πεδία, με σκοπό να την παραδόσουν στην υπόλοιπη επιστημονική κοινότητα και σε κάθε ενδιαφερόμενο Homo sapiens, θα καταλήξει τελικά να δημοσιευθεί σε επιστημονικά περιοδικά που απαιτούν από τους αναγνώστες την καταβολή συνδρομής δυσβάσταχτης. Όμως πολλά -αν όχι τα περισσότερα- ερευνητικά ιδρύματα, χρηματοδοτούνται από τα κράτη, δηλαδή από τους φόρους μας. Η λογική υπαγορεύει πως θα έπρεπε να έχουμε ελεύθερη πρόσβαση στους καρπούς αυτών των ερευνών.

Διάφορα μοντέλα δοκιμάζονται online τα τελευταία χρόνια, και σε αυτό το κλίμα αναζήτησης έχουν ευδοκιμήσει και τα περιοδικά ανοιχτής πρόσβασης (open-access) που προσφέρουν δωρεάν τα PDF για κατέβασμα από τα sites τους, ενώ τα έσοδα δεν έρχονται απ' τους αναγνώστες, αλλά από την άλλη πλευρά -από τους ερευνητές που πληρώνουν για να γίνει η δημοσίευση.

Είναι μια ωραία λύση.

Τόσο ωραία, που δεν είναι αληθινή, δεν είναι λύση. Τουλάχιστον όχι ακόμα.

From humble and idealistic beginnings a decade ago, open-access scientific journals have mushroomed into a global industry, driven by author publication fees rather than traditional subscriptions. Most of the players are murky. The identity and location of the journals' editors, as well as the financial workings of their publishers, are often purposefully obscured.

Έγινε λοιπόν το εξής:

Ο Τζον Μποχάνον, βιολόγος στο Χάρβαρντ, έκατσε και έβγαλε από το μυαλό του μια έρευνα, όπου έδειξε την αντικαρκινική δράση μιας ουσίας που εξήγαγε από λειχήνες. Αφού επινόησε φανταστικά ονόματα ερευνητών που δουλεύουν σε φανταστικά πανεπιστήμια, τους έβαλε ως συγγραφείς του paper, και το έστειλε για δημοσίευση σε κάμποσα από αυτά τα περιοδικά. Κανονικά, η διεύθυνση του κάθε περιοδικού θα το έστελνε με τη σειρά της σε συνάδελφους επιστήμονες του κλάδου, που θα το διάβαζαν με προσοχή για να βεβαιωθούν πως η μεθοδολογία που ακολουθήθηκε είναι σωστή και τα αποτελέσματα αξιόπιστα. Έτσι γίνεται το λεγόμενο peer-review, που εξασφαλίζει την εγκυρότητα των δημοσιεύσεων.

Ακολούθησε πανικός. Όπως γράφει ο ίδιος ο Μποχάνον στο Science, αν ένας reviewer με σχολικές γνώσεις χημείας είχε καθίσει να διαβάσει το paper, δεν υπήρχε περίπτωση να το εγκρίνει. Η πειραματική διαδικασία που περιέγραφε ήταν τόσο ό,τι να 'ναι, που τα αποτελέσματα κατέληγαν άχρηστα. Και όμως, 157 περιοδικά ανοιχτής πρόσβασης δέχτηκαν να δημοσιεύσουν το paper.

Το κείμενο που περιγράφει όλη την ιστορία είναι πάρα πολύ ενδιαφέρον, το θέμα που πραγματεύεται είναι πάρα πολύ σοβαρό, και τα περιστατικά που περιγράφει είναι τραγελαφικά. Ο Τζον Μποχάνον κυνηγάει τους εκδότες των περιοδικών με email, ανακαλύπτει ότι οι ταχυδρομικές διευθύνσεις που γράφουν στα sites είναι ψεύτικες, ότι τα κείμενα στο about είναι copy-paste από άλλα (συνδρομητικά) περιοδικά, ότι στο τακτικό τους προσωπικό αναφέρονται -εν αγνοία τους- καθηγητές που μια φορά κάποτε έλαβαν ένα email απ' το περιοδικό κι αυτό ήταν.

After months of e-mailing the editors of SAP, I finally received a response. Someone named Charles Duke reiterated—in broken English—that SAP is an American publisher based in California. His e-mail arrived at 3 a.m., Eastern time.

Η περιγραφή του ίδιου του πειράματος, δε, είναι απολαυστική. Μιλάμε για μπούρδες στον κύβο, τα διάβαζα και γέλαγα δυνατά. Τρεις λαλούν και δυο χορεύουν. Ό,τι του φανεί του Λωλοστεφανή.

The paper took this form: Molecule X from lichen species Y inhibits the growth of cancer cell Z. [...] There are numerous red flags in the paper, with the most obvious in the first data plot. The graph's caption claims that it shows a "dose-dependent" effect on cell growth—the paper's linchpin result—but the data clearly show the opposite. The molecule is tested across a staggering five orders of magnitude of concentrations, all the way down to picomolar levels. And yet, the effect on the cells is modest and identical at every concentration. [...] The fictitious authors are affiliated with fictitious African institutions. I generated the authors, such as Ocorrafoo M. L. Cobange, by randomly permuting African first and last names harvested from online databases, and then randomly adding middle initials. For the affiliations, such as the Wassee Institute of Medicine, I randomly combined Swahili words and African names with generic institutional words and African capital cities.

Επειδή το φανταστικό πανεπιστήμιο που θα έκανε την έρευνα βρισκόταν στην Αφρική, φίλοι του Τζον επισήμαναν πως τα άψογα Αγγλικά του κειμένου θα κινούσαν υποψίες. Κανένα πρόβλημα! Ένα copy paste στο Google translate, μετάφραση στα Γαλλικά, και ξανά μετάφραση στα Αγγλικά.

Τελικός απολογισμός: 157 περιοδικά δέχθηκαν τη δημοσίευση, και μόνο 98 την απέρριψαν. Από τα υπόλοιπα 49 στα οποία την υπέβαλαν, φαίνεται πως τα 29 είναι ανενεργά sites-φαντάσματα.

Και τι θα γίνει τώρα;

Δεν ξέρω, αλλά σε πρώτη φάση είναι πολύ καλό που έχουμε μια εικόνα της κατάστασης. Επιπλέον, όπως επισημαίνεται και στο άρθρο του Science, είναι πιθανό μια ανάλογη κατάσταση να αποκαλυφθεί και στον χώρο των όχι πολύ διάσημων συνδρομητικών περιοδικών, αν γίνει και εκεί μια ανάλογη προσπάθεια. Αυτό είναι πολύ ανησυχητικό, και μακάρι να γίνει αυτή η προσπάθεια σύντομα, να ξέρουμε τι μας γίνεται.

Και το πρόβλημα δεν είναι η παραπληροφόρηση της επιστημονικής κοινότητας. Ένας ερευνητής της Pfizer δεν θα παραπλανηθεί από μια μπουρδοέρευνα που λέει πως η ακατέργαστη μούχλα βελανιδιάς προλαμβάνει την φαλάκρα. Ακριβώς όμως επειδή μιλάμε για περιοδικά ελεύθερης πρόσβασης, ο καθένας τελικά μπορεί μέσω Google να βρει "επιστημονικά στοιχεία" που δίνουν τροφή σε προκαταλήψεις, διαμορφώνουν λανθασμένες απόψεις, κλπ. Ακόμα χειρότερες μπορούν να είναι οι συνέπειες, όταν προβάλλονται τέτοιες δημοσιεύσεις σε mainstream media ως ισότιμες των σοβαρών και χρησιμεύουν ως πηγές στη συγγραφή κειμένων που θα τα διαβάσουν εκατομμύρια μάτια.

Η επιστήμη είναι με διαφορά ο καλύτερος τρόπος που επινόησε ο άνθρωπος για να καταλαβαίνει τον κόσμο γύρω του, να αναμετρηθεί με τα μεγάλα ερωτήματα, και να καλυτερεύσει τη ζωή του. Η επιστημονική μέθοδος λειτουργεί.

Ας την εφαρμόζουμε σωστά.

Ολόκληρο το κείμενο του Science, εδώ.
Μπόνους: Μια περίεργη ομιλία του Τζον Μποχάνον (στο TED, φυσικά)

Υ.Γ.
Ένα από τα περιοδικά που δέχτηκαν να δημοσιεύσουν το paper είναι το Journal of Natural Pharmaceuticals, ο αρχισυντάκτης του οποίου μάλιστα επικοινώνησε μέσω email με τον Τζον, για να του επισημάνει κάποια πράγματα που έπρεπε κατά τη γνώμη του να διορθώσει (το φορμάρισμα των παραπομπών, τον αριθμό λέξεων του abstract,  και άλλα τέτοια ουσιώδη). Ο αρχισυντάκτης αυτός λοιπόν, ο κύριος Ιλκάι Ορχάν, είναι καθηγητής φαρμακευτικής στο πανεπιστήμιο της Αμμοχώστου (στο ποιο;). Ενδιαφέρον.

Πολλή ανθρώπινη σκέψη, υπερσύγχρονοι δορυφόροι, ακριβέστατα λέιζερ, εξονυχιστικές μετρήσεις, και ιδού: Μια τρισδιάστατη αναπαράσταση του εδάφους της Ανταρκτικής, κάτω απ' τους παγετώνες που την σκεπάζουν επί εκατομμύρια χρόνια.

Γιατί, ρωτάς; ΔΙΑΒΑΣΕ ΠΑΡΑΚΑΤΩ >